Pondok Pesantren Ma'ahid Kudus berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Maahid ( PENDISMA ). Yayasan ini sendiri adalah salah satu lembaga pendidikan Islam tertua di Kabupaten Kudus. Didirikan pada tahun 1937 oleh KH. Abdul Muchith -rahimahullah- sepulangnya dari menimba ilmu di Universitas Al Azhar Mesir. Berdirinya PENDISMA dilatarbelakangi oleh upaya beliau dalam melakukan tajdid (pembaharuan) terhadap pemahaman Islam yang sebenarnya ditengah masyarakat.
Pada awal berdirinya, sistem pengajaran yang diterapkan adalah sistem pondok pesantren tradisional. Namun, seiring dengan perkembangan jaman, PENDISMA melakukan berbagai adaptasi dan akselerasi dengan sistem pendidikan yang distandarkan oleh pemerintah. Diantaranya dengan mengintegrasikan kurikulum pendidikan umum ke dalam kurikulum pesantren dan ikut serta dalam ujian negara. Lalu diikuti dengan pendirian Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, dan Madrasah Diniyah yang semuanya dibina langsung oleh Yayasan PENDISMA.
Dengan pembenahan tersebut, PENDISMA diharapkan mampu menjadi salah satu lembaga pencetak kader umat dan bangsa yang menguasai ilmu-ilmu agama dengan ilmu- ilmu umum secara seimbang. Berguna bagi masyarakatnya dan siap menjawab tantangan jaman.
